ด็อกเตอร์ดูม ได้รวบรวมเหล่าวายร้ายที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในจักรวาล และได้ร่วมกองกำลังกับอัลเบิร์ต เวสเกอร์ เพื่อที่จะรวมตัวกันในห้วงมิติของตนสำหรับความต้องการที่จะชนะของทั้งสองฝ่าย อย่างไรก็ตาม สาเหตุนี้ได้นำมาซึ่งภัยคุกคามที่ยิ่งใหญ่ และอาจเป็นการทำลายโลกทั้งสองจนพินาศ ชะตากรรมทั้งหมดจึงขึ้นอยู่กับฮีโร่ของฝ่ายมาร์เวลกับแคปคอม ในการที่จะหยุดยั้งสิ่งชั่วร้ายเหล่านี้ ก่อนที่ทุกอย่างจะสายเกินไป[6]